Sejak seawal abad ke-9, tanah-tanah yang diduduki orang Karantania, kemudiannya orang Slovenia, jatuh di tangan pemerintah bukan Karantania, termasuk penguasaan separa tetapi bersama oleh bangsawan-bangsawan Bavaria dan Republik Venice.

Orang-orang Slovenia yang tinggal di wilayah-wilayah Carinthia, Carniola dan Styria, tinggal di bawah pemerintahan dinasti Habsburg mulai abad ke-14 sehingga 1918, kecuali apabila Napoleon menjaga beberapa bahagian Slovenia dan Croatia selama empat tahun — "Wilayah-wilayah Illyria" dan rantau Prekmurje diuruskan oleh Empayar Uthmaniyyah selama kira-kira 150 tahun.Ketika kebanyakan golongan elit kawasan ini dijermankan, kaum petani kuat melawan pengaruh penjermanan dan memelihara bahasa dan budaya unik Slavika mereka. Satu langkah utama ke arah pembebasan sosial dan budaya orang-orang Slovenia berlaku ketika Reformasi, apabila Primož Trubar menerbitkan buku-buku cetakan terawal yang berbahasa Slovenia (Catechismus dan Abecedarium, 1550 di Tübingen, Jerman). Terbitan Protestan dalam bahasa Slovenia memuncak apabila keluarnya terjemahan penuh Kitab Injil (Jurij Dalmatin, Wittenberg 1584). Meskipun kebanyakan penduduk memeluk ajaran Protestan, namun rantau ini kembali ke mazhab Katolik di bawah pemerintahan Archduke Ferdinand dari Austria Tengah (memerintah 1590 - 1637), yang kemudiannya menjadi Maharaja dan meneruskan dasar-dasar yang serupa di wilayah-wilayah Habsburg yang lain.

Pada abad ke-19, para cendekiawan mengkanunkan bahasa Slovenia menjadi bahasa sastera, dan gerakan nasionalis Slovene mula dihidupkan, mual-mulanya meminta autonomi Slovene dalam lingkungan rangka Kerajaan Habsburg (lihat Slovenia Bersatu). Pada separuh kedua abad ke-19, Slovenia memperoleh autonomi pentadbiran dalam wilayah Carinthia. Wialayh-wilayah lain yang diduduki orang Slovenia menikmati konsesi budaya dan pendidikan.